次世代シーケンサー関連メモ

もう次世代じゃない

[bwa]
https://cell-innovation.nig.ac.jp/wiki/tiki-index.php?page=BWA

bwa index hg19.fa
#クエリファイルはfastqのみ。出力は、samフォーマットのみ
bwa aln -t [スレッド数] hg19.fa reads.fastq > readmap.sai 2> readmap.log
bwa samse hg19.fa readmap.sai reads.fastq > readmap.sam

[bowtie]
https://cell-innovation.nig.ac.jp/wiki/tiki-index.php?page=bowtie

bowtie-build hg19.fa hg19
bowtie -p [スレッド数] hg19 -f reads.fa > readmap.txt
#bowtie -p [スレッド数] hg19 reads.fastq > readmap.txt

[fastaからfastqの変換(quality scoreなし)]
次世代シーケンサー由来でない配列群をbwaに食わせたい時とか

via fasta2fastq
http://qa.lifesciencedb.jp/questions/472/fasta2fastq

sed -n "/^>/N;s/^>//;s/\n/\t/p;" input.fa | 
awk '{qual=$2;gsub(/./,"I",qual);print "@"$1"\n"$2"\n+"$1"\n"qual}' > output.fastq

[velvet]

velveth $output_directory $hash_length reads.fa
velvetg $output_directory -min_contig_lgth 100