等方的な流体の場合、粘性係数には、shear viscosityとbulk viscosity(体積粘性係数)の2種類がある。水のような液体の場合、非圧縮性近似をするのが一般的なので、Navier-Stokes方程式で体積粘性係数がかかる項は0になる。気体の場合も、流速が音速よりずっ…

RNAの二次構造予測と言えば、RNAfoldとmfoldがバイオインフォマィテクス業界の鉄板だと思うけど、未だに、こいつらのアルゴリズムを理解してないわたしは、こいつら本当に正しいのか信用できないのだった。というわけで、分子動力学で、RNAの二次構造を見て…

アルゴンの分子動力学計算 http://d.hatena.ne.jp/m-a-o/20130917#p3 の疑問について。 アルゴン原子集団を、固体から加熱していった時と、気体から冷却していった時で、融点・沸点がずれるというのを書いたけど、過冷却とか、そのへんの話らしい。過冷却？…

やったことなかったので、アルゴンの分子動力学計算をやってみた。まぁ、ただのGromacsの使い方メモのような。使用したGromacsのバージョンは、4.6.1 原理的なことに関しては、分子動力学シミュレーションにおける温度・圧力制御第1回=能勢の熱浴と能勢・フ…